As aves de rapina nocturna possuem um aparelho digestivo adaptado à ingestão de presas inteiras ou em grandes pedaços, frequentemente com pêlos e penas. O bico é curvo em todas as aves deste grupo, podendo ser usado para imobilizar ou matar as presas. Na língua podem ser obervadas papilas em forma de espinho, orientadas para a orofaringe, cuja função é auxiliar no trajecto de grandes pedaços de alimento da boca para o esófago.
O papo, uma dilatação do esófago bem desenvolvida na maioria das aves, onde o alimento é armazenado e amolecido antes da digestão, está ausente ou é pouco evidente nas aves de rapina nocturnas.
O estômago é constituído pelo proventrículo e ventrículo, cuja distinção visual é difícil nestas aves. O proventrículo tem funções de armazenamento da ingesta e produção de secreções gástricas e as contracções do ventrículo promovem a digestão, envolvendo todos os componentes e, finalmente, enviando a porção digerível para o intestino delgado e retendo o restante, originando uma egagrópila. Esta consiste num agregado das partes não digeríveis do alimento, como penas, pêlo, dentes e ossos, e que é regurgitada e eliminada pela boca, 10 a 13 horas após cada refeição. A eliminação da egagrópila é frequentemente feita no local de repouso, o que facilita a sua recolha para estudo dos hábitos alimentares do animal que a produziu.
O intestino delgado varia em dimensão consoante a espécie, sendo mais pequeno e leve em aves que caçam com velocidade, nomeadamente a coruja-das-torres (Tyto alba), e maior e mais desenvolvido em aves com estilo de caça forrageador, como a coruja-do-mato (Strix aluco). Quanto maior a dimensão do intestino, mais longo será o tempo de digestão. As secreções do pâncreas e fígado são envolvidas no alimento nesta porção do tracto digestivo e promovem a absorção dos nutrientes pela parede do intestino.
O ceco, normalmente pequeno ou vestigial nas outras aves carnívoras, é bem desenvolvido e tem a forma de dois sacos nas rapinas nocturnas, apesar de a sua função ainda não estar bem estabelecida. O cólon é curto e termina na cloaca, que é uma dilatação extensível onde se acumulam fezes e urina antes de serem eliminadas.
STRI - Rapinas Nocturnas de Portugal 